Người mẹ của ông, Ankhesenpepi II (Ankhesenmeryre II), nhiều khả năng đã giữ vai trò nhiếp chính trong những năm đầu triều đại của ông. Một bức tượng bằng đá thạch cao tuyết hoa ở bảo tàng Brooklyn miêu tả một Pepi II non trẻ, đang ngồi trên lòng của mẹ mình. Bất chấp triều đại lâu dài của mình, mẫu vật này là một trong số ba tác phẩm điêu khắc nổi tiếng nhất còn tồn tại của vị vua đặc biệt này. Về phần mình, bà có thể đã được giúp đỡ bởi người anh trai Djau, ông ta đã là một tể tướng dưới triều đại của vị pharaon trước.

Một cái nhìn thoáng qua về tính cách của vị pharaon này khi ông vẫn còn là một đứa trẻ có thể được tìm thấy trong một lá thư được ông viết cho Harkhuf, một vị tổng đốc của Aswan và là người chỉ huy của một trong số những đoàn thám hiểm được ông phái đến Nubia. Được phái tới để giao thương và thu thập ngà voi, gỗ mun cùng những vật phẩm quý giá khác, ông ta đã bắt giữ một người lùn tí hon. Khi tin tức về tới triều đình hoàng gia, vị vua trẻ đã bị kích thích bởi điều này và gửi lời nhắn lại cho Harkhuf rằng ông ta sẽ được trọng thưởng nếu như người lùn tí hon này còn sống khi được mang về.